O Sistema Sibyl escaneia a mente de cada cidadão japonês e lhe atribui um Psycho-Pass: um número que sinaliza quem tem tendência criminosa acima do limite antes mesmo de agir. É nesse Japão que Akane Tsunemori entra como novata na Divisão 1 do Departamento de Segurança Pública e passa a caçar criminosos latentes ao lado de seus Executores. O mangá acompanha esses primeiros casos enquanto ela aprende a confiar num sistema que afirma enxergar culpas que ninguém cometeu ainda.