Os cinco integrantes do Clube de Pesquisa Cultural da academia Yamaboshi, Taichi Yaegashi, Himeko Inaba, Iori Nagase, Yui Kiriyama e Yoshifumi Aoki, começam a trocar de corpo entre si sem que nenhum deles consiga explicar o motivo. Por trás do fenômeno está uma entidade que se autodenomina Heartseed, que o usa para expor segredos, paixões e medos que os cinco preferiam manter escondidos, testando se a amizade deles resiste a saber tanto uns sobre os outros. Este mangá adapta a série de light novels de Kokoro Connect.