Na ilha de Hinomoto, onde uma praga de criaturas mortas-vivas chamadas Kabane só pode ser eliminada perfurando um coração blindado de ferro que nenhuma arma comum alcança, o ferreiro Ikoma constrói sua própria arma perfurante na estação Aragane. Quando a estação cai diante de um enxame de Kabane, Ikoma é mordido e sobrevive como um Kabaneri, um híbrido humano-Kabane, e encontra uma aliada em Mumei, outra Kabaneri que luta para manter vivos os sobreviventes da estação a bordo do trem blindado Koutetsujou. Este mangá adapta o anime Kabaneri of the Iron Fortress.