Ichika Orimura entra na Academia IS, só para mulheres, como o único piloto homem capaz de operar uma armadura de combate Infinite Stratos. Houki Shinonono, Cecilia Alcott, Charlotte Dunois e Laura Bodewig treinam e disputam sua atenção sob o olhar da irmã mais velha e instrutora dele, Chifuyu. Esta segunda adaptação em mangá percorre o mesmo material da light novel que o mangá publicado antes, com outro traço e outro ritmo.