Sousuke Sagara se transfere para a escola Jindai fingindo ser um aluno comum, mas na verdade é um soldado de elite da Mithril encarregado de proteger em segredo a colega Kaname Chidori de quem quer o conhecimento que ela guarda como uma das misteriosas Whispered. Criado desde criança como combatente, Sousuke não faz ideia de como agir como um adolescente normal, e suas reações exageradas, de revistar carteiras atrás de explosivos a tratar a aula de educação física como uma operação hostil, geram uma confusão constante ao redor de Kaname. Fora da escola, a tripulação do submarino da Mithril e seus Arm Slave ficam de prontidão para quando as ameaças que Sousuke vigia se tornarem abertamente violentas.