Renton Thurston, um garoto entediado de catorze anos que conserta pranchas voadoras na garagem do avô, tem a rotina interrompida quando uma garota chamada Eureka atravessa o telhado com um mecha enorme, o Nirvash typeZERO, pedindo conserto. Encantado à primeira vista, Renton consegue embarcar na nave dela, o Gekkostate, e passa a treinar como mecânico e copiloto ao lado de veteranos como Holland Novak e Talho Yuuki. Este mangá reconta a história da série de TV sobre Renton deixando sua casa para se juntar à tripulação de Eureka, condensada em seis volumes.