Paradox, um duelista deslocado no tempo, viaja ao passado para apagar o próprio Duel Monsters e persegue seu criador, Maximillion Pegasus, na tentativa de desfazer o futuro que destruiu seu mundo. Para detê-lo, três gerações de campeões se unem: Yugi Muto, Jaden Yuki e Yusei Fudo, tirados cada um de sua própria época e reunidos pela primeira vez. O filme celebra o décimo aniversário da franquia, e seus duelos centrais colocam os monstros de assinatura do trio contra as cartas corrompidas e roubadas de Paradox, em três linhas temporais que colidem num mesmo campo de batalha.