Num Mundo Digital tão superpovoado que entra em colapso pelo próprio peso, o computador divino Yggdrasil dá início ao Projeto Arca: eliminar a maior parte da população e realocar poucos escolhidos num mundo recém-criado. Dorumon, um Digimon portador do raro Anticorpo X, vira alvo dos Cavaleiros Reais enviados para impor a purga, e só sobrevive a um primeiro encontro porque o guerreiro Leomon não consegue desferir o golpe final. Feito inteiramente em CG em vez de animação tradicional, este filme independente fica fora da continuidade de qualquer série de TV do Digimon e acompanha a fuga de Dorumon por um mundo que se apaga.