O estudante Taiki Kudou vai parar num Mundo Digital devastado pela guerra e encontra Shoutmon, um Digimon subestimado que mesmo assim quer ser o rei do lugar, gravemente ferido depois de um confronto com o invasor Exército Bagra. Taiki o ajuda a se recuperar e forma o Xros Heart, um exército baseado no DigiXros, uma técnica de fusão que combina Digimons em formas novas e mais poderosas. Os amigos Akari Hinomoto e Zenjirou Tsurugi vêm junto do seu próprio mundo. Enquanto o Xros Heart resiste à caçada do Exército Bagra pelos fragmentos da Coroa de Código, Taiki também cruza o caminho dos generais humanos rivais Nene Amano e Kiriha Aonuma, cada um comandando seu próprio exército.