Na futura cidade de New Port, a Seção 9 de Segurança Pública cuida dos casos que a polícia não pode tocar: tramas terroristas, crimes corporativos, sequestros de cibercérebros. A major Motoko Kusanagi comanda a equipe em campo ao lado de Batou e do ex-detetive Togusa. O mangá recria episódios autoconclusivos da primeira temporada de Stand Alone Complex, uma investigação completa por volume, e deixa o arco do Laughing Man para seu mangá sequência, The Laughing Man.