Arrancado da batalha por uma distorção espaço-temporal, Ledo, soldado da Aliança Galáctica, cai ao lado do mecha Chamber num planeta inteiramente tomado pelos oceanos. Acolhido pela frota Gargantia, ele aprende com a mensageira Amy e a comandante Ridget a viver sem ordens nem uma guerra para travar, enquanto Chamber observa em silêncio os costumes desse novo mundo.