Após ser atacado no mundo real, Kirito acorda no Underworld, um reino virtual imersivo gerado pela tecnologia experimental Soul Translator. Sem memória de como chegou ali, ele reencontra Eugeo, um garoto que ele se lembra de ter conhecido numa infância que não deveria existir. Eugeo esperou anos para resgatar sua amiga de infância Alice, levada por um Integrity Knight por violar o Taboo Index. Juntos partem rumo à Catedral Central, treinando como espadachins na Academia de Esgrima enquanto desvendam o controle autoritário da Igreja Axioma sobre o Underworld.