A popularidade de Masaki Taniguchi na nova escola desperta o rancor de um colega, que joga um grupo de alunos mais novos em cima dele; a briga acaba quando uma garota chamada Aya Orihata entra no meio e os afugenta. Apaixonar-se por ela puxa os dois para perto de Boogiepop, a shinigami que persegue tragédias humanas, e da sombria Organização Towa por trás do incidente. Este mangá adapta o arco VS Imaginator das light novels de Boogiepop, enquanto o agente sintético Spooky E e o Imaginator, capaz de alterar a realidade, avançam contra a cidade.