Utena Tenjou descobre um laço com o conhecido de infância Touga Kiryuu e se envolve em duelos pela mão de Anthy Himemiya, a 'Noiva das Rosas', dentro do mundo murado da Academia Ohtori. O filme reinventa essa história como uma continuidade alternativa e independente: personagens conhecidos da série de TV reaparecem com visuais e relações diferentes, e os temas de adolescência e controle vão além do que a série mostrou. Ele não dá continuidade ao anime, e sim reescreve a história do zero.