O estudante amnésico da Academia Tsukumihara, Hakuno Kishinami, sobrevive a um ataque sobrenatural repentino e firma um pacto com uma mulher de vermelho que se apresenta como Servant, tornando-se um Master arrastado para a Guerra do Santo Graal. Ao lado de colegas como Rin Toosaka, Hakuno precisa vencer as batalhas classificatórias da guerra enquanto reúne fragmentos de uma identidade esquecida. Este mangá adapta a premissa do jogo Fate/Extra da Type-Moon.