Hiroki Fujisawa, Takuya Shirakawa e Sayuri Sawatari crescem num Japão do pós-guerra alternativo em que Hokkaido foi anexada pela misteriosa União, onde se ergue uma torre colossal visível do restante do país. Fascinados pela estrutura, os três amigos prometem construir um avião para cruzar o estreito e alcançá-la, mas antes que consigam, Sayuri entra em coma e é enviada a Tóquio para tratamento. Este mangá adapta os dois primeiros terços da trama do filme de animação de 2004.