Ash, Brock, May e Max são convidados pelo Dr. Yung para conhecer o Mirage System em seu laboratório isolado, um aparelho capaz de recriar Pokémon extintos e lendários a partir de dados digitais. Durante a demonstração, porém, a máquina sequestra o próprio Yung, e um homem mascarado que se autodenomina Mestre do Mirage assume o controle, prometendo criar um Pokémon sem pontos fracos a partir do código capturado de Mew. Antes que ele consiga, o grupo de Ash precisa invadir a mansão e resgatar Yung e os Pokémon presos.