Musashi, uma Terra duplicada transformada em uma frota de oito naves ligadas entre si, existe após a tentativa fracassada da humanidade de colonizar os céus. Seu povo reconstrói a história seguindo um guia chamado Testamento, na esperança de recuperar o conhecimento perdido naquele fracasso, mas a reconstrução travou no ano de 1648 e rumores apocalípticos já circulam. O presidente do conselho estudantil, Toori Aoi, descobre então que P-01s, um autômato com a aparência de sua falecida amiga de infância, Horizon Ariadust, é, na verdade, a própria Horizon, renascida em um corpo mecânico. Este mangá adapta o arco inicial da série de light novels original.