Cinco jovens pilotos, Heero Yuy, Duo Maxwell, Trowa Barton, Quatre Winner e Chang Wufei, assumem seus Gundams para travar uma guerra de guerrilha contra o domínio da Aliança da Esfera Terrestre Unida sobre as colônias espaciais do ano AC 195. Este mangá reconta do zero a história original de Gundam Wing e incorpora material da prequel Episode Zero e dos romances Frozen Teardrop para apresentar a versão mais completa do conflito. Relena Darlian, filha de um político pacifista, se vê envolvida com Heero à medida que a guerra se espalha pela Terra e pelo espaço.