Ash, Misty e Brock conhecem Sam, um garoto arrancado da própria época quarenta anos antes: ao proteger Celebi de um caçador ilegal, o ferido Pokémon Viajante do Tempo abriu uma fenda temporal e o levou junto. Celebi se recupera no Lago da Vida, perto da vila de Arborville, mas um caçador mascarado da Equipe Rocket, armado com Balls Sombrias que dobram qualquer Pokémon à sua vontade, está logo atrás dele. Ash, Sam e seus amigos precisam chegar primeiro. Este mangá adapta o quarto filme Pokémon.