A Equipe Pokéamigos, o Chimchar do tipo fogo e o Piplup do tipo água que já foi humano, é arrastada para uma crise maior do que qualquer missão anterior: a Torre Temporal está se deteriorando, e o Pokémon lendário Dialga que a protege perdeu o controle do próprio poder e virou o Dialga Primigênio. Se o colapso não for detido, o próprio tempo vai congelar o mundo para sempre. Grovyle, o Pokémon acusado de roubar as Engrenagens do Tempo da região, se junta à equipe quando seu verdadeiro motivo vem à tona, e os três partem para levar as engrenagens até a torre.