Catorze anos depois de sua última aventura, o espadachim sem mestre Jubei Kibagami encontra Shigure, uma sacerdotisa que nunca saiu de sua vila isolada. Quando demônios destroem seu lar, Jubei obtém a misteriosa Joia do Dragão e se torna alvo de dois clãs demoníacos rivais, os Hiruko e os Kimon. Ao lado do monge andarilho Dakuan e do jovem ladrão Tsubute, ele parte para proteger Shigure no caminho até a vila de Yagyu. Esta série de TV dá continuidade à história iniciada no filme original de Ninja Scroll.