Um ilhéu desabitado das Ogasawara afunda da noite para o dia, e esse é só o primeiro sinal de que algo está errado sob o arquipélago japonês: assim começa a descida de Toshio Onodera, piloto de um submersível de águas profundas, e do geofísico heterodoxo professor Tadokoro rumo à Fossa do Japão. O que eles encontram no fundo leva Tadokoro a uma previsão que ninguém quer ouvir: boa parte do Japão vai ficar abaixo do nível do mar em cerca de dois anos. Enquanto os terremotos se intensificam, o governo corre contra o tempo. Esta primeira adaptação em mangá do romance original segue a mesma estrutura de catástrofe em tempo real do livro.