Nesta versão alternativa de 5D's em mangá, o misterioso Cavaleiro Esqueleto sequestra Sect, amigo de Yusei Fudo, e obriga Yusei a duelar para tê-lo de volta. Do outro lado, em Neo Domino City, o diretor Rex Goodwin organiza o torneio D1 Grand Prix. Depois que Jack Atlas embosca Yusei em Satellite, o torneio vira o caminho de Yusei para a revanche com o campeão. Este mangá segue uma continuidade própria, separada da série de TV.