Enviados a uma ilha remota para eliminar as forças inimigas restantes, o piloto da Federação Amuro Ray e sua unidade acabam presos ali quando a missão secreta dá errado. Em vez de soldados, encontram um grupo de crianças abrigadas na ilha e um mobile suit de Zeon solitário que as protege, pilotado por um desertor chamado Cucuruz Doan. Amuro precisa achar um jeito de sair da ilha enquanto descobre o que Doan realmente está protegendo. O filme retoma e expande um episódio de 1979 do Gundam original que foi cortado da exibição em inglês.