Cinquenta anos depois de a Terceira Guerra Mundial deixar uma cratera onde antes ficava Tóquio, as ruínas contaminadas conhecidas como Blackspot se tornam lar de sobreviventes que desenvolvem habilidades estranhas chamadas Fragments, e um mundo exterior amedrontado os rotula de "Needless". Cruz Schild cresce ali depois que sua irmã mais velha, Aruka, morre num ataque, e esconde seu próprio Fragment enquanto os governantes do distrito perseguem quem ousa resistir. O que começa como a luta de Cruz para sobreviver se transforma num confronto maior entre os marginalizados do Blackspot e quem tenta controlá-lo.