O elevador espacial Endymion, de Academy City, está prestes a ficar pronto quando magos começam a convergir para a cidade atrás de Arisa Meigo, uma esper de Nível 0 cujo passado a torna um alvo e cujo caminho cruza o de Kamijou Touma e da freira Index. O instinto de Touma de se meter em brigas alheias o joga direto num confronto entre ciência e magia para o qual nem Arisa nem os defensores da cidade estão preparados. Este mangá adapta a mesma história do filme Endymion no Kiseki.