O estudante transferido Minato Arisato chega ao colégio Gekkoukan e acaba envolvido com o S.E.E.S., um grupo de estudantes que investiga a Hora Sombria, um período oculto que surge todas as noites e traz criaturas sobrenaturais chamadas Shadows. Ao descobrir que pode invocar uma força interior chamada Persona, Minato se junta ao S.E.E.S. para enfrentá-las e descobrir o que está por trás desse fenômeno.