Depois de resgatar a amiga de infância Michiru, Kojiro Kanemaki descobre que seu falecido pai pertencia ao clã Uesugi e se junta à expedição deles até a ilha de Awaji, onde uma ameaça ancestral chamada Yamata no Orochi coloca a região em perigo. Musashi, ainda lidando com as fraquezas que o atrapalharam na primeira temporada, precisa aprender a trabalhar em equipe enquanto a campanha dos Uesugi o arrasta, junto com Kojiro, para uma luta maior e mais perigosa. Esta segunda temporada dá continuidade direta à série de TV original de Orient.