Uma barreira misteriosa envolve Tóquio do nada e isola a cidade do resto do mundo sob o novo nome de 'Tóquio Júpiter'. Ayato Kamina descobre o gigante biomecânico RahXephon escondido sob a cidade e passa a pilotá-lo contra os invasores que tentam romper a barreira. Este mangá conta sua própria versão da história, trocando o tom introspectivo da série de TV por mais comédia e desvios com toques de fan-service ao lado do mesmo elenco.