A Quarta Tóquio, a colônia japonesa construída em Marte, é onde a piloto de testes Iris Shirasaki e a mecânica Mizuki Sera treinam dentro do programa aeroespacial comandado por Kaito Sera, irmão de Mizuki. A chegada de um aluno transferido, Nagisa Kiryuu, com uma agenda própria começa a desmontar o programa por dentro, obrigando Iris e Mizuki a se perguntarem o quanto da escola realmente gira em torno dos alunos. Esta light novel é uma adaptação separada do mesmo anime de TV Classroom☆Crisis que o mangá também adapta.