Depois de recuperar o Sistema de Reversão Cósmica, a tripulação do Yamato encontra uma misteriosa facção chamada Gatlantis na borda da Grande Nuvem de Magalhães e é atingida pelo devastador Canhão de Ataque Direto de Chamas. A nave escapa para uma dimensão irregular, onde Susumu Kodai comanda uma equipe de desembarque que chega a um planeta desconhecido e encontra ali uma nave abandonada, junto com as respostas que Mikage Kiryuu, oficial científica do Yamato, decifra nas inscrições de suas paredes. Este filme se passa dentro da continuidade de Yamato 2199, logo após os eventos da série de TV.