A caminho de um concurso Pokémon, Ash, Brock e Dawn param na Cidade Alamos, uma cidade-jardim construída ao redor das misteriosas Torres do Espaço-Tempo. A tranquila cidade sofre de repente uma destruição inexplicável e uma névoa que se espalha enquanto Dialga e Palkia, Pokémon lendários capazes de alterar o tempo e o espaço, se enfrentam nas proximidades. Preso entre os dois titãs está Darkrai, apontado como responsável pelo caos, embora na verdade tente proteger em segredo o povo da cidade, entre eles a jovem Alice e o excêntrico Barão Alberto. Este mangá adapta o filme homônimo.