Ash e seus amigos chegam à Cidade LaRousse, uma metrópole futurista que funciona inteiramente com tecnologia, onde conhecem Tory Lund, um garoto que teme Pokémon desde que ficou preso em um estouro de manada durante uma expedição polar do pai, quatro anos antes. Deoxys, um Pokémon vindo do espaço, volta em busca do companheiro perdido e atrai Rayquaza da camada de ozônio; para mantê-lo do lado de fora, cerca a cidade com uma barreira de energia e passa a absorver os moradores um a um. A ligação de Tory com aquele incidente o coloca no centro da crise. Este mangá adapta o filme homônimo.