Lupin III acaba de ser enforcado por seus crimes, ou é o que pensa o inspetor Zenigata, até o corpo se revelar um chamariz e o verdadeiro Lupin reaparecer bem vivo. A pista leva a Mamo, um recluso ressecado obcecado por imortalidade através de clonagem e relíquias antigas, enquanto Lupin tenta reconquistar Fujiko Mine mesmo com um misterioso benfeitor dela puxando os fios nas sombras. O que começa como mais um golpe vira uma perseguição por ilhas secretas, agentes americanos e a busca pela Pedra Filosofal.