Em 2112, Teppei Sugou é piloto de drones da 15ª Força-Tarefa Integrada do Exército de Defesa e dá cobertura aérea a um esquadrão terrestre em Okinawa, sob o indicativo First Guardian, até que a operação dá errado e a unidade de seu comandante, Itsuki Ootomo, é dada como perdida. Três meses depois, uma aeronave não tripulada abre fogo contra o Ministério da Defesa em Tóquio e os drones são rastreados até o terminal militar do próprio Sugou. A inspetora Risa Aoyanagi e o Executor Tomomi Masaoka chegam à base dele para descobrir o que realmente aconteceu.