Três anos após O Contra-Ataque de Char, o estudante comum Banagher Links cruza o caminho de Audrey Burne, uma garota que tenta impedir uma guerra pelo segredo mais bem guardado da Fundação Vist: a Caixa de Laplace. Seu encontro com o misterioso Unicorn Gundam, a chave dessa caixa, o arrasta para uma guerra aberta entre a Federação Terrestre e os Sleeves, facção remanescente da Neo Zeon liderada pelo mascarado Full Frontal. Este mangá adapta os romances originais de Gundam Unicorn.