A investigadora da Federação Espacial Birdy Cephon Altera mata sem querer o colegial Tsutomu Senkawa enquanto persegue um criminoso alienígena na Terra, e o salva do único jeito possível: fundindo os dois corpos em um só. Eles precisam dividir corpo e rotina diária, alternando o controle entre a vida escolar de Tsutomu e o verdadeiro trabalho de Birdy: perseguir a terrorista Christella Revi em meio à política da Federação e a quadrilhas alienígenas que não param de invadir o dia a dia dele.