Um mago de dez anos, Negi Springfield, chega ao Japão para concluir seu treinamento assumindo uma turma de trinta e uma adolescentes em um colégio só para meninas. Enquanto esconde sua magia, ele se aproxima da impulsiva Asuna Kagurazaka e cria laços com colegas como Nodoka Miyazaki e Konoka Konoe. Este mangá conta a história dentro da continuidade do anime Negima!?, publicado mensalmente em paralelo à série, em vez de adaptar o mangá original de Ken Akamatsu.