Depois que Giratina arrasta Dialga para o Mundo Reverso paralelo, o pequeno Shaymin, um Pokémon Gratidão que faz flores desabrocharem por onde passa, acaba no meio do confronto entre os dois Pokémon lendários. Ash, Dawn e Brock acolhem Shaymin e tentam protegê-lo enquanto a Equipe Rocket e Zero, ex-assistente de um cientista que estudou Giratina, perseguem o Pokémon por seus próprios motivos. Este mangá adapta o décimo primeiro filme de Pokémon.