Ash e seu Pikachu chegam à cidade de Michina bem no momento em que Arceus, o Pokémon lendário que criou o mundo, volta para punir a humanidade por uma traição de séculos atrás: a Joia da Vida que ele havia emprestado à cidade nunca foi devolvida. Dialga, Palkia e Giratina se colocam diante da fúria dele, e Dialga envia Ash e seus amigos ao passado para descobrir o que realmente aconteceu naquele dia. Este mangá condensa em três capítulos o décimo segundo filme de Pokémon.