Cinco anos depois dos eventos da primeira temporada, Jiro Hitoyoshi deixou de ser um agente leal da Oficina dos Super-Humanos para virar um fugitivo procurado que enfrenta a organização a que serviu. Alienígenas, espíritos antigos e heróis criados pelo governo dividem esse Japão alternativo, enquanto o presente fragmentado de Jiro se entrelaça com os anos que o afastaram da Oficina. Esta segunda temporada continua a história exatamente de onde a primeira parou.