Fuyuki e Natsumi Hinata encontram um alienígena com aparência de sapo escondido dentro de casa: é Keroro, capitão de um pelotão enviado para investigar a Terra, chamada de Pokopen por sua espécie, antes de uma invasão completa. Sem suas armas e com a missão comprometida, ele é abandonado pelos superiores e passa a morar com os Hinata enquanto outros quatro agentes de seu esquadrão vão reaparecendo aos poucos pelo planeta. Cada capítulo acompanha seus planos de conquista, que quase sempre terminam em tarefas domésticas e festas tradicionais japonesas.