Uma convocação de emergência interrompe o encontro de Iku Kasahara e Atsushi Doujou quando um atentado a bomba numa instalação nuclear dá ao Comitê de Aprimoramento da Mídia do Japão um pretexto para ampliar seus poderes de censura. A Força de Defesa das Bibliotecas designa Kasahara e Doujou para proteger o escritor Kurato Touma, cujo novo livro repete de perto a retórica dos autores do atentado, o que o transforma em alvo. Enquanto a Força-Tarefa das Bibliotecas lida com o impasse político crescente com o Comitê, o pedido de proteção da jornalista Maki Orikuchi tensiona as lealdades dos dois lados. Este filme adapta o volume final das light novels de Library War e dá sequência ao filme e à série de TV anteriores.