Uma colônia de Genesect revividos, liderada por um raro Genesect Brilhante, procura um novo lar depois que seu habitat antigo é destruído, e confunde o horizonte de Nova Tork com o mundo que perdeu. A ocupação desloca os outros Pokémon da cidade e coloca o grupo em rota de colisão com Mewtwo, atacado pelo desconfiado líder dos Genesect e disposto a enfrentar os recém-chegados. Ash Ketchum, Iris e Cilan intervêm para impedir que o confronto vire uma guerra aberta. Este é o 16º filme de Pokémon.