Dan Kuso, Marucho Marukura e Shun Kazami descobrem que a Bakugan Interspace, a arena virtual onde duelam, foi hackeada a partir de outra dimensão, o que os arrasta para uma guerra entre o império gundaliano e o povo neathiano. Fabia Sheen, uma refugiada neathiana, e Jake Vallory, um novo brawler humano, se juntam ao trio enquanto as Doze Ordens de Gundália voltam sua atenção para a Terra. Esta terceira temporada acompanha as batalhas do grupo na tentativa de deter a invasão antes que ela chegue em casa.