Yuya Sakaki, um Duelista de Entretenimento conhecido como Fantasma, foge da Corporação Leo depois de hackear o sistema Solid Vision, carregando dentro de si outras três personalidades: Yuuto, Yuugo e Yuuri. Yuzu Hiiragi o engana para que assine como professor na escola de duelos do pai dela, em crise, mas o que ele realmente procura é o Genesis Omega Dragon, uma carta capaz de dobrar a própria realidade. Reiji Akaba, presidente da Corporação Leo, quer a mesma carta, e sua perseguição coloca a vida dupla de Yuya sob risco constante. Este mangá conta uma história original, diferente da do anime de Arc-V.