D.Gray-man: Reverse reúne histórias paralelas sobre os exorcistas e a equipe da Ordem Negra, divididas em oito capítulos que formam três novelas curtas. Uma acompanha o próprio caminho de Allen Walker até o quartel-general; outra manda Kanda a um vilarejo onde se diz morar uma bruxa; uma terceira gira em torno das ambições de Bak Chang dentro da Ordem. Os capítulos seguintes percorrem os muitos nomes que Lavi usou antes do atual e a busca de Lou Fa por Allen, além de interlúdios cômicos como uma festa de reencontro da Ordem. A coletânea corre em paralelo ao mangá em andamento, sem dar continuidade direta à trama.