Três anos depois de Shinji Ikari deter o Terceiro Impacto, a NERV foi reconstruída sob o comando de Misato Katsuragi nesta continuação alternativa de Evangelion. Shinji, agora com dezessete anos, volta a liderar a equipe EVA ao lado de Asuka Langley Soryu, enquanto quatro cópias de Rei Ayanami tocam um programa mundial de busca e destruição de Anjos. Quando uma dessas unidades falha e segue em direção a Tóquio-3, Shinji e Asuka são enviados para interceptá-la e encontram um inimigo de outro tipo: Evangelions dominados por Anjos. Esta light novel dá continuidade à história de Evangelion depois do final original.