Depois do final de Puella Magi Madoka Magica, Homura Akemi volta a Mitakihara e encontra as bruxas substituídas pelos espectros: criaturas nascidas da dor humana que drenam as emoções das pessoas. Mami Tomoe tenta manter as garotas mágicas unidas, enquanto Sayaka Miki e Kyouko Sakura vivem discutindo sobre como enfrentar a nova ameaça. Homura, que guarda informações sobre o mundo que as outras desconhecem, tenta impedir que o grupo se desfaça antes que o inimigo o faça. Este mangá liga a série original ao filme Rebellion.